โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์มหาวิทยาลัยมหาสารคามตั้งในพื้นที่ของมหาวิทยาลัยมหาสารคามตำบลขามเรียง อำเภอกันทรวิชัย จังหวัดมหาสารคาม โดยตั้งอยู่บริเวณด้านทิศตะวันออกของอาคารบรมราชกุมารี (สำนักอธิการบดี)
ภายในพื้นที่โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑ์มหาวิทยาลัยมหาสารคามได้แบ่งพื้นที่ใช้สอยออกเป็น 8 ส่วน ดังนี้
1.เรือนอีสานประยุกต์หลังใหญ่ ประกอบด้วย สำนักงาน ห้องประชุมใหญ่ ห้องประชุมย่อย ห้องรับรอง คลังพิพิธภัณฑ์ หอจดหมายเหตุมหาวิทยาลัยมหาสารคาม และนิทรรศการพัฒนาการมหาวิทยาลัยมหาสารคาม
2.เรือนอีสานประยุกต์หลังเล็ก ประกอบด้วยนิทรรศการพัฒนาการมหาวิทยาลัยมหาสารคาม และพื้นที่สำหรับจัดนิทรรศการหมุนเวียน
3.เรือนโข่ง ปัจจุบันเป็นที่ตั้งชมรมนาฏศิลป์และดนตรีพื้นเมืองมหาวิทยาลัยมหาสารคาม
4.เรือเกย ปัจจุบันเป็นที่ตั้งโครงการอนุรักษ์ใบลานในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
5.เล้าข้าว ตูบต่อเล้า จัดแสดงเครื่องมือเครื่องใช้ในวิถีชีวิตชาวลุ่มแม่น้ำชี
6.เรือนผู้ไท จัดแสดงนิทรรศการภูมิปัชาวลุ่มแม่น้ำชี
7.ลานกิจกรรม เป็นพื้นที่สำหรับจัดกิจกรรมกลางแจ้ง
8.สถานีศึกษาสัตว์
